Το 1988 λειτούργησε στη Σχολή Επιστημών Παραγωγής του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας το Τμήμα Γεωπονίας Φυτικής και Ζωικής Παραγωγής. Το ακαδημαϊκό έτος 2002-2003, το Τμήμα αυτονομήθηκε, μετονομάστηκε σε Τμήμα Γεωπονίας Φυτικής Παραγωγής και Αγροτικού Περιβάλλοντος της Σχολής Γεωπονικών Επιστημών του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας. Το Τμήμα αναπτύσσεται στα κτίρια της Σχολής που βρίσκονται στην περιοχή Φυτόκο, στο Βόλο, καθώς και στα κτίρια και άλλες εγκαταστάσεις στο Αγρόκτημα του Πανεπιστημίου στο Βελεστίνο. Στο Τμήμα δραστηριοποιούνται είκοσι ιδρυμένα Εργαστήρια που καλύπτουν τις ερευνητικές και εκπαιδευτικές ανάγκες του Τμήματος, ενώ για την εξυπηρέτηση των βασικών εκπαιδευτικών εργαστηριακών αναγκών υπάρχουν και εργαστήρια φυσικών και βιολογικών επιστημών καθώς και ηλεκτρονικών υπολογιστών.
Αποστολή του Τμήματος Γεωπονίας Φυτικής Παραγωγής και Αγροτικού Περιβάλλοντος είναι να παρέχει γνώσεις για την πανεπιστημιακή κατάρτιση των μελλοντικών γεωπόνων, ώστε να είναι ικανοί να χειρίζονται την κλασσική και τη σύγχρονη μεθοδολογία δημιουργίας και παραγωγής βελτιωμένου πολλαπλασιαστικού υλικού (γενετική βελτίωση, βιοτεχνολογία-γενετική μηχανική), τη σύγχρονη καλλιεργητική τεχνική (φυσιολογία, θρέψη, φυτοπροστασία), την ανάπτυξη σύγχρονης γεωργικής τεχνολογίας, τη διαχείριση των φυσικών πόρων και του αγροτικού περιβάλλοντος και την ασφάλεια στην παραγωγή προϊόντων φυτικής προέλευσης. Δίνεται ιδιαίτερη έμφαση ώστε η εκπαίδευση των υποψηφίων γεωπόνων τόσο σε προπτυχιακό όσο και μεταπτυχιακό επίπεδο να λαμβάνει υπόψη τις σύγχρονες τάσεις για ολοκληρωμένη παραγωγή στο πλαίσιο της αειφόρου ανάπτυξης με ανάδειξη του ρόλου όλων των γνωστικών αντικειμένων που θεραπεύονται στο Τμήμα. Έτσι το Τμήμα ανταποκρίνεται και στην πρόκληση της AGENDA 2000 όπου δίνεται έμφαση στην προστασία του περιβάλλοντος, στη μείωση εισροών ενέργειας και αγροχημικών, τη χρήση ανανεώσιμων πηγών ενέργειας στη γεωργία, την πιστοποίηση της ποιότητας των γεωργικών προϊόντων. Αυτή η αντίληψη της δομής των σπουδών δίνει στους πτυχιούχους Γεωπόνους του Τμήματος τα ιδιαίτερα προσόντα που απαιτούνται για να υποστηριχθεί ο ρόλος τους ως Γεωπόνου-συμβούλου σε μια σύγχρονη γεωργία, ανταγωνιστική και ταυτόχρονα φιλική στο περιβάλλον.
Προς τον σκοπό αυτόν, το πρόγραμμα σπουδών διάρκειας 5 ετών, περιλαμβάνει μαθήματα υποδομής που αναφέρονται στις βασικές ενότητες των Φυσικών, Βιολογικών και Kοινωνικο-Οικονομικών Eπιστημών διασφαλίζοντας τη θεμελίωση της σχετικής γνώσης, η οποία είναι απαραίτητη για την περαιτέρω συμπλήρωση του Προγράμματος Σπουδών, μαθήματα κορμού προσανατολισμένα προς τα κύρια γνωστικά αντικείμενα της Επιστήμης της Γεωπονίας, εξασφαλίζοντας τη θεμελιώδη εξάσκηση και τα μέσα για τη μελέτη φαινομένων, συστημάτων και τεχνολογίας που άπτονται της σύγχρονης παραγωγικής διαδικασίας, μαθήματα εμβάθυνσης σε υψηλό επίπεδο γνώσεων στο εύρος του αντικειμένου της Γεωπονίας καθώς και μαθήματα επιλογής μέσω των οποίων οι φοιτητές και οι φοιτήτριες του Τμήματός διαμορφώνουν το προφίλ που ο καθένας επιθυμεί, σύμφωνα με τις επί μέρους ειδικότητες και τομείς της Επιστήμης της Γεωπονίας. Επιπλέον, το Πρόγραμμα Σπουδών εισάγει την πρόσθετη και σημαντική διάσταση του ανθρώπινου παράγοντα, τις δραστηριότητές του, τη συμπεριφορά και τη δημιουργικότητά του μέσα στο γενικό γεωργικό περιβάλλον. Πέραν της παρακολούθησης μαθημάτων, το Πρόγραμμα Σπουδών περιλαμβάνει υποχρεωτική πρακτική άσκηση δύο μηνών και εκπόνηση και δημόσια παρουσίαση πτυχιακής εργασίας που αντιστοιχεί σε ένα πλήρες εξάμηνο σπουδών.
Το Τμήμα προσφέρει επίσης μεταπτυχιακές σπουδές με μεταπτυχιακά προγράμματα σπουδών καθώς και διδακτορικές σπουδές στα Εργαστήρια του Τμήματος.
